La limpieza de un bloque de hierro (no especificas el material de tu motor) se hace en baño ácido.
Hay que quitar todos los tapones de agua, todos los cojinetes de levas, etc., luego se hace un lavado con pistola de petrolear con kerosene y con cepillos para llegar a todas partes (se usan cepillos de limpieza de armas de fuego en los conductos de aceite).
Como veo que vas a reutilizar pistones, presumo que pondrás camisas nuevas, sugiero especialmente limpiar esas camisas con aceite de cajas automáticas y papel de baño, cuando saques el papel y no veas ninguna partícula de suciedad, entonces estará bien.
Los pistones por dentro se limpian cuidadosamente con ácido rebajado...ten en cuenta que (a menos que sea un motor diesel) seguramente sean pistones de aluminio vaciado, y el aluminio no es demasiado fuerte frente a los ácidos.
Las ranuras de los aros las limpias primero partiendo un aro viejo y pasándolo por dentro de esas ranuras para quitar restos, luego con esponja scotch brite le puedes dar a todo el pistón para limpiarlo bien.
Sugiero firmemente que chequees con un micrómetro de arco (NO un vernier (pie de rey)) las deformaciones del pistón, también debes observar que en la falda del pistón no hayan roces que pudiesen haberlo perjudicado por el cabeceo normal.
Ten especial cuidado con los huecos de los bulones pasadores de biela en el pistón, deberás ver si hay insertos de bronce y sus cierres a cada lado (pistones flotantes), si no hay esos cierres y si para desarmar el conjunto pistón-biela necesitas de calor, significa que son pistones semi-flotantes.
Hay muchas cosas para tener en cuenta para armar correctamente un motor, quizá algunas de las que expongo les suenen exageradas, pero vengo del mundo de los Dragsters y ahí ni siquiera se plantea reutilizar muchas piezas.
Si en algo más puedo ayudarte, estoy a tu disposición.
Un saludo.